Penerbitan Bidang Gerejawi menerbitkan buku-buku filsafat, teologi, liturgi, spiritualitas, doa dan peribadatan, katekese, renungan, inspirasional, dan buku bacaan rohani anak. Selain edisi cetak, buku-buku tersebut sudah diterbitkan dalam edisi e-book.

Penerbitan Bidang Pendidikan dan Umum menerbitkan buku-buku kurikuler berbasis Paradigma Pedagogi Reflektif yang sesuai dengan Kurikulum 2013, buku untuk perkuliahan, bacaan anak berbasis pendidikan karakter, psikologi populer, self-healing, motivasi, dan bacaan inspirasional. Selain edisi cetak, buku-buku tersebut sudah diterbitkan dalam edisi e-book.

Selain sistem penerbitan umum, Kanisius juga memberikan layanan penerbitan secara khusus melalui Kanisius Exclusive Publishing. Penulis yang menghendaki karyanya diterbitkan secara eksklusif baik mengenai genre maupun jumlah tirasnya, bisa dilayani asal memenuhi standar kualitas dan visi penerbit.